南京PA旗舰厅药物研究有限公司建设于2000年10月，是南京PA旗舰厅药业集团有限公司旗下全资控股公司，主要谋划中成药、化学药、保健品、医药工艺、医药科研手艺的开发、咨询、转让及服务等营业。
公司建设以来，自主研制的药品包括葡萄糖酸锌喷鼻剂（星瑞灵）、曲安奈德鼻喷雾剂（星瑞克）、葛根汤合剂、复方磷酸可待因口服溶液、扎来普隆片等，这些药品被普遍用于临床，深受医患推许。同时，公司起劲申报专利手艺，已申请了葛根汤合剂制造工艺等17个专利，获得了授权专利6个。
近年来，南京PA旗舰厅药物研究有限公司涉及开发的临床新药包括降压药、降糖药、免疫系统用药、眼科用药、抗抑郁症药物、心血管用药等，这些产品将陆续进入报批临床或生产程序，不久将推广上市，使宽大临床医生和患者受益。
